V roce 1931 byl v Praze otevřen Lékařský dům, který se stal sídlem českých lékařských organizací i lékařské knihovny. Řídícím orgánem byl Sbor Lékařského domu, na jehož výroční schůzi dne 13. února 1934 přišel předseda profesor František Šamberger s výzvou ke zřízení lékařského muzea, které by shromáždilo a zachovalo památky českého – v národním či jazykovém smyslu – lékařského stavu. Ihned bylo zvoleno kuratorium, muzejním správcem byl určen Viktor Palivec, vedoucí knihovny Lékařského domu. Od ustavení Lékařského muzea se na základě opakované výzvy v tisku začaly shromažďovat sbírkové předměty, archiválie a knihy z darů lékařů. Muzeum bylo zprvu zamýšleno především jako památník českého lékařstva: jeho zakladatelé si však brzy uvědomili, že musí být muzeem medicíny, ač vždy především medicíny české. V roce 1938 vznikla Společnost Lékařského muzea s cílem získat pro muzeum finanční prostředky.
Válečné období 1939 – 1945 bylo poznamenáno opakovaným stěhováním, v rámci Lékařského domu i mimo něj. Sbírky se nicméně – právě v této době – dále rozrůstaly. V letech 1945 – 1948 bylo Lékařské muzeum střídavě ve správě ministerstva zdravotnictví a Ústřední lékařské knihovny. Ústřední jednota čs. lékařů, hlavní opora muzea, po roce 1948 zanikla a její nástupnické organizace, odbory a Čs. lékařská společnost J. E. Purkyně, nikdy neprojevily o Lékařské muzeum zájem. V následujících desetiletích muzeum pouze živořilo a sbírky častým stěhováním trpěly.
100. výročí Spolku českých lékařů v roce 1962 bylo příležitostí i pro Lékařské muzeum: pro tehdejší zdravotnické špičky se náhle stalo zajímavým. Muzeum bylo rychle přejmenováno na Čs. zdravotnické muzeum a zapojeno do oslav. Dostalo místnosti ve zrušené lékárně na Pařížské třídě a na Malém náměstí a zrušený kostel u nemocnice Pod Petřínem. Již v roce 1965 byl však muzeu prostor v Pařížské i na Malém náměstí odebrán, muzeum bylo svázáno do balíků a uloženo ve sklepě Psychiatrického ústavu v Bohnicích, do skladiště ve Škrétově ulici, do Lékařského domu a jinam. Z kurátorů muzea zůstala jediná pracovnice.
Koncem 60. let iniciovala skupina lékařů kolem muzea ještě pokus o zřízení Českého muzea péče o člověka, ale opět bezvýsledně. Určitý prostor muzeum získalo v bývalém bytě profesora Karla Hübschmanna ve Vodičkově ulici, po restituci v roce 1992 se však muselo vystěhovat a táž situace se opakovala o dva roky později. Správci sbírek se dále snažili muzeum vybudovat. Naděje jim svitla v roce 1993, kdy byl zřízen poradní sbor muzea a magistrát hl.m. Prahy měl muzeu poskytnout budovu v Senovážné ulici. Tento pokus nakonec ztroskotal na nejasných sporech o majetek bývalého SSM. Bez výsledku skončila i jednání s vedením 1.LF UK o možnosti využití Faustova domu.
V roce 1997 nalezlo Zdravotnické muzeum nový domov v prostorách Národní lékařské knihovny, v nádvorním domku na Sokolské 54. V roce 2001 se, pravda, muselo opět vystěhovat (probíhala rekonstrukce sousedního hotelu Kriváň), jeho sbírky byly sbaleny a uloženy na několika místech a jeho provoz dočasně omezen na malé prostory v Lékařském domě: v únoru roku 2004 se však mohlo vrátit zpět do rekonstruovaného domku. Získalo nejen větší prostory, ale i lepší podmínky pro správné uložení a zpracování sbírek i pro práci badatelů. Zájemcům dnes nabízí i možnost prohlídky nebo menší exkurze.
Muzeum spolupracuje s řadou pražských a mimopražských muzeí, na jejichž půdě své sbírky prezentuje. Za posledních deset let se podílelo na desítkách výstav.